La superficie pittorica era, per gran parte, interessata da fenomeni di annerimento, con presenza di deposito superficiale e il colore e in alcuni casi anche lo stato di preparazione, era mancante. Sul supporto di alcune tele si leggeva chiaramente il livello d’acqua e detriti fangosi che si era depositato tra la tela e il bordo inferiore del telaio, lasciati dall’ultima alluvione.
A partire dal 1620 la chiesa fu interessata da un ampio cantiere architettonico che portò alla realizzazione di un monumentale edificio, concluso del 1629. In concomitanza con la costruzione delle nuove cappelle, furono realizzate le tele, che dovevano impreziosirne gli altari, da alcuni dei più valenti artisti in quel momento attivi in ambito genovese, in particolare Giovanni Andrea Ansaldo (Genova, 1584 – 1638) e Bernardo Strozzi (Genova, 1581/82 – Venezia, 1644); il primo è autore del dipinto raffigurante l’Annunciazione, il secondo della raffinata Madonna col Bambino e i santi Chiara, Ambrogio ed Erasmo. Nonostante le modifiche apportate all’edificio soprattutto nell’Ottocento, con lo spostamento di alcuni altari, ancora oggi è possibile ammirare questo importante insieme di opere, a cui appartengono anche un Calvario e un Miracolo di Sant’Antonio da Padova vicini ai modi di Domenico Fiasella e ulteriori pale tra cui il Transito di san Giuseppe di David Parodi, una delle poche testimonianze attualmente note di questo artista genovese. Per la dimensione e l’imponenza queste costituiscono di fatto un elemento fondamentale dello spazio interno della chiesa, andandosi a integrare molto bene anche con l’importante apparato di stucchi e ornati.
